南京鼓楼医院耳鼻咽喉科是自鼓楼医院建院早期就有的独立的专业科室，同鼓楼医院一样历经了百年风雨，国内外许多知名的耳鼻咽喉科学家都曾在此工作和学习过，也曾为许多国内外知名人士和领导人做过医疗服务。今天的耳鼻咽喉头颈外科已经是个具有一定规模和影响力的临床二级学科。已建立了耳科、鼻科、咽喉及嗓音、头颈外科等三级学科。学科现拥有2名博士，4名硕士，现有医护人员30余人，其中正主任医师2人，副主任医师5人，主治医师6人，每年收治各种
疾病患者1300余例，各类手术超过1200台次，开展各项新技术1-2项，发表论文10余篇。现已获得部、省、市级科研成果奖10余项，参编专业著作数十部，在江苏省内乃至全国拥有较高的声誉。主要科研方向为有关听力学及耳科生理学的临床与基础研究，
鼻窦炎鼻息肉疗效相关的临床与基础研究，以及喉癌的微创手术及相关的应用基础研究。科研经费保持在近百万。
南京鼓楼医院耳鼻咽喉科也是南京大学医学院、南京医科大学、南京中医药大学、东南大学医学院等多个高校、多个专业的硕士研究生培养单位及临床教学单位，每年承担了大量的课堂教学、临床见习、实习和研究生培养工作。每年举办国家级或省级继续教育学习班和国际级学术交流会。
南京鼓楼
医院耳鼻咽喉科主要特色是以“功能与微创”为原则开展耳、鼻、咽喉及头
颈部疾病的诊治。拥有设备完善的内镜诊疗中心、临床听力检测中心和嗓音疾病诊治中心。特色医疗主要有鼻内镜及鼻眼、鼻脑相关外科，电子喉镜及支撑喉内镜下微侵袭手术治疗喉部良恶性
肿瘤，耳内镜及耳显微镜下各种中耳、内耳手术。各种顽固性
耳聋、
耳鸣的康复治疗，头颈部肿瘤及涎腺肿瘤的手术治疗，面神经手术及阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征的手术治疗也具有强大实力。在这些特色医疗的支持下，还开展３个专病门诊：听力康复专病门诊、变应性
鼻炎专病门诊、嗓音疾病专病门诊、阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征专病门诊及头颈外科专病门诊等，以解决各种不同疾病患者的求医问药。
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