新疆肿瘤医院胸肝外科于2005年2月成立。科室设三个病区，为肝、胆、胰病区，食管、贲门病区，肺、纵隔病区；分别位于外科病房大楼的11、10、9层。目前科室具有正、副主任医师9人，其中主任医师2名，教授1名，副教授1名，博士2名，硕士6名，硕士研究生导师3人。
　　新疆肿瘤医院肝、胆、胰外科病区：主要诊治各类肝、胆、胰外科疾病，年肝切除病例在150例以上，并开展了肝移植手术，取得较好的效果，所移植病人至2006年均健康存活；胰腺外科年胰十二指肠切除病例达50余例，术后无胰瘘发生，改良式无血切肝，改良捆绑式胰肠吻合术已达到自治区先进水平，并开展腹腔镜微创外科手术。
　　新疆肿瘤医院食管、贲门外科病区：主要诊治食管良、恶性肿瘤，贲门癌，膈区疾病。对上、中、下段食管癌及部分颈段食管癌均可根治性切除，贲门癌联合脏器切除。其中食管癌三切口根治术及胸腔、腹腔动脉干区骨骼化清扫居自治区先进水平；同时开展各式代食管、胃手术。
　　新疆肿瘤医院肺、纵隔外科病区：主要诊治肺部良、恶性肿瘤，纵隔良、恶性肿瘤，气管良、恶性肿瘤。其中局部晚期非小细胞肺癌的扩大切除（肺癌双袖状切除术、扩大左心房切除术、扩大上腔静脉切除重建等）居自治区先进水平；并开展了Ⅵ期肺癌分层的外科治疗，肺癌新辅助化疗。
　　新疆肿瘤医院胸肝外科与全国一流的医学专家和医院建立了密切的合作关系，每年不定期的有北京、上海、华西、浙江的专家来科进行手术交流，并帮助开展工作。科室三层病区，每层设病床52张，加床10张，每层设监护病房一间，病床6张；配备有心电监护设备。全科实际拥有病床180张，周一至周五均有科室专家门诊。

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