门诊设15个一级科室，18个二级分科，设专家、专病门诊63个；住院部设6个病区。有1个国家级重点医学专科建设单位（肝
病）、1个省重点专科建设单位（急诊），3个市重点专科（
肝病、
肾病、骨伤）。
----肝病专科
----创立于1990年，现已发展成为拥有二个专科门诊，一个40张病床的病区，有独立的
超声诊断室、PCR检测诊断室、细胞培养室、分子生物实验室等设备齐备、装备精良的中医肝病临床、科研和教学基地。专科拥有高级职称技术专家8人，并有一批博士、硕士等高素质人才。建科10年来，大力开展科研工作，以科研促进临床和教学工作，先后有11项科研课题在广东省中医药管理局和深圳市科技局立项资助，现已完成10项课题。1998年被广东省中医药管理局确定为广东省中医肝病医疗中心和广东省肝病骨干培训中心，被深圳市卫生局确定为中医肝病重点专科。2001年被确定为国家级重点医学专科建设单位。
----急诊专科
----现有高级职称4人，国家级专业委员会委员1人，省级学会副主任委员1人，博士、硕士研究生3人；该科下设发热性
疾病诊治中心、蛇伤诊治中心、中西医结合溶栓中心；近五年来获深圳市科技进步三等奖二项、广东省中医药管理局科技成果一项，目前在研课题二项。科室多年来一直承担全院ICU、院内外急诊工作，已初步培养出一支适应急诊工作的中西医结合急救队伍。
----肾病专科
----肾病专科是深圳市重点专科，现有高级职称7人，博士2人，国家中医肾病委员3人。近三年中标国家级科研课题1项，省级7项，市级3项；专科既有鲜明的中医特色，又有用于医疗教研的现代化仪器、先进的诊疗措施和专病专药8种。
----骨伤科
----骨伤科是市重点专科，现有高级职称5人。该专科在医疗中充分发挥中医特色综合诊疗手段，自行研制的内服、外用药物治疗
软伤疾病和研制引进骨外固定器治疗四肢骨与
关节损伤均获得良好的效果，逐步形成了以中医治疗为主的专科特色。同时，开展以提高疗效为目标的科研工作，如
颈椎病的防治和中医药防治
骨质疏松症的研究已取得了阶段性成果。
----男科
----男科是院重点专科，现有高级职称2人，开展
不孕不育、性功能障碍、前列腺病、
性病、尿道炎等疾病的全套检测和诊治，拥有彩色精子质量检测系统、多功能前列腺治疗仪等先进设备，主持省级科研课题及网上男科专家咨询，治疗以中医中药为主，中西医结合，内外治并用，中医特色鲜明，疗效显著。
----心血管专科
----心血管专科在深圳及港澳台、东南亚享有一定声誉，具有明显的中医特色，达到省级的诊疗先进水平。2000年开启心血管病
房后，利用中医及中西医结合的诊治手段，取得明显的社会经济效益。专科拥有合理的人才梯队，正高1人，副高4人，中级2人，初级4人（其中博士3人，硕士2人）。取得省市级奖多次，正在进行的省市级科研课题多项。
----脾胃消化病专科（简称消化内科）
----现有消化病专科门诊、病房、消化病研究室、内窥镜，共有专业技术人才15位，其中包括正高职称2人，副高4人，中级5人。本专科具备中医及中西医结合专业技术人才，能够运用中医或中西医结合的方法对内科
消化系统疾病进行准确、合理的诊治，特别是能够发挥中医药的特色，对消化系统的疑难病进行有效的治疗。本专科还开展多项消化实验室检查、消化内窥镜检查与治疗项目，满足本系统疾病诊治上的需要。2001年，与外科合作，首创本省微创保胆取石术，有效地治疗胆囊结石，既清除了结石，又保存了正常的胆囊，方法简单、安全。
----肛肠科
----现有高中级医师9人，其中副主任医师5人。在国家、省级医学杂志共发表论文20多篇，正在钻研的国家级、省级科研课题各一项。配备有肛门测压仪、电凝仪、高频电刀、美国微波多功能治疗仪及电子肛门镜等现代先进器械。该科主治肛门、直肠、结肠部疾病，常见病种有
痔疮、
肛裂、肛窦炎、肛痈和
肛瘘，擅长疑难病环状混合痔和高位复杂性肛瘘手术治疗，效果卓著，无术后肛门失禁及狭窄后遗症。
----蛇伤治疗中心
----蛇伤治疗中心是深圳市唯一的专业治疗毒蛇咬伤的机构，中心顾问李日初副主任医师是中国蛇伤协会理事，素有“蛇王”之美誉，该中心采用中西医结合、内外治结合的综合方法救治各类毒蛇咬伤数千例，成功率达99.8％，居于国内领先水平；该中心自制的内服药“蛇伤清毒剂”和外用药“蛇伤一号”、“蛇伤二号”临床疗效显著，富有鲜明的中医特色和独特的优势。此外，该中心对毒蜂、毒鱼、毒蝎等有毒昆虫刺蜇伤的诊疗也在该市享有盛誉。
----中医糖尿病、内分泌专科
----该专科现有正高2名、副高2名、主治4名，其中有广东省名中医1名、博士2名、硕士2名。开展了中医及中西医结合诊治糖尿病、
甲状腺疾病、肥胖病等内分泌代谢疾病，疗效明显，年治疗患者1万5千人次。
----脑病专科
----该中心设有脑病专科、心理专科，开展中医、中西医结合诊治神经系统疾病、心理疾病。现有主任医师2名、主治医师3名、住院医师3名，医学博士2名。
----先进设备
----医院拥有一批先进的医疗设备，如U1tra－Z高档螺旋CT机、欧美最新型800mA数字化X光机、SE－9000血球计数仪、全自动生化分析仪、骨密度仪等。
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